ホールアース自然学校は1995年に沖縄で調査研究事業を開始しました。
1998年には北部、名護市にホールアース自然学校沖縄校として「がじゅまる自然学校」を開校。一般、学校団体向けに自然体験プログラムの実施をスタートしました。
また2002年のNPOホールアース研究所設立と共に、NPO沖縄ホールアースも活動を開始しました。

現在、ホールアース自然学校沖縄校は那覇と名護を拠点として活動し、沖縄県のエコツーリズムを推進しています。
北部名護市に拠点を置く「がじゅまる自然学校」は主に修学旅行および一般の個人・団体のお客様をやんばる（沖縄本島北部）の大自然にご案内する業務を行っています。
県庁所在地、那覇に拠点を置く「ＮＰＯ法人沖縄ホールアース研究所」は行政や企業・地域の皆さんと一緒にまちづくりや人材育成を進めています。

ホールアース自然学校は 沖縄から新しい潮流を生み出していきます。